空调一拖二的缺点是会占据一定的房屋高度，尤其是对于一些本身房梁就比较低矮的房间来说，在使用一拖二空调就会显得特别的沉闷，而且维修起来比较麻烦，一拖二空调的外机坏了之后，两个房间都没有办法使用，因为两个房间的室内空调都采用了一个空调外机。
其次，一拖二的制冷范围有限。虽然目前各大品牌都有自己的一拖二产品，但产品的制冷范围有限，一般制冷量在2000W～3200W之间，如果房间面积在空调的制冷范围以外，就达不到预期的制冷效果。
最后，一拖二必需是相邻的两个房间同时安装。因为一拖二空调是两个室内机共用一个室外机，所以在安装连接管时，两个室内机的连接管需要同时接入同一个室外机。如果两个房间不是相邻，或者离的较远，这样就需要较长的连接管来同室外机连接，因此容易造成制冷效果不好，加大了安装难度，并且不经济。
